1562 wird nach vielen Grenzstreitigkeiten zwischen Hessen und Sachsen/Thüringen ein Vertrag geschlossen, der auch die strittigen Verhältnisse bei Kleinensee regelte. Das Dorf war thüringisch. Der Seulingssee mit zwei Fischergehöften, vielleicht auch Cunz Metzens Haus war seit 1406 hessisch. Nach dem Vertrag durften keine zusätzlichen hessischen Häuser gebaut werden. Das Jagdrecht in der Gemarkung gehörte dem hessischen Landgrafen. Die beiden Fischer durften Bier brauen und ausschenken, aber das Lagerbier nicht tonnen- oder faßweise verkaufen (Friedewalder Salbuch 1579).
1593 beschwerte sich die Gemeinde “zum Kleinen Sehe furm Sulingswald“ bei ihrem Amtmann in Gerstungen über die Flutgräben und wilden Wasser, die aus dem See austreten, ferner über vielen Holzscheid- und Bauholzfuhren, die vom Säulingswald zu den Orten an der Werra fuhren. Die Gemeinde sei klein und arm und die Äcker würden beeinträchtigt. Fast täglich sei es notwendig, die Wege wieder herzurichten. wozu sie verpflichtet seien. Sie hätten nur wenig eigenes Holz für ihre 30 Häuser im Gemeindeland, müßten aber doppelt so hohes Forstgeld für zusätzliches Holz zahlen als die anderen Orte des Amtes Gerstungen.
Sie baten ihren Amtmann, beim hessischen Landgrafen vorstellig zu werden. Dessen See und Wild bringe ihnen täglich große Beschwerung. Sie boten an, Wegebauarbeiten und Beschwernisse zu erdulden, wenn sie für Bau- und zusätzliches, notwendiges Brennholz das gleiche Forstgeld zahlen müssen wie die anderen sächsischen (thür.) Gemeinden (STA, Marb. 17 e. nach Schwarz).
"Cleinensehe" gehörte im 15. Jahrhundert zum Gerstengau und ab 1525 zum sächsischen Amt Gerstungen. Durch den Haus-Breitenbacher- Vertrag von 1733 (Teilung des Samtamtes Hausbreitenbach vom 1.Juli 1733) kam Kleinensee dann durch Tausch zum Amt Friedewald nach Kurhessen.
Kleinensee hat eine wechselhafte Geschichte hinter sich. Der seltsame Grenzverlauf ergibt sich aus den Geschehnissen der letzten Jahrhunderte. Bei der Teilung Deutschlands nach dem 2. Weltkrieg konnten wir von Glück reden, zu Hessen zu gehören.
Seit dem 16. Dezember 1989 ist das Geschichte! Dieses Jahr feiern wir schon den 33. Jahrestag der Grenzöffnung.