Damit Nistkästen als trockene Stube in der kalten Jahreszeit und im nächsten Jahr für eine Vogelfamilie beziehbar sind, sollten sie ab Oktober auf ihre Funktionsfähigkeit hin geprüft, geleert und gereinigt werden. Im Herbst nach der Vogelbrutzeit ist ein guter Moment, um Nistkästen auszubessern und das Nistmaterial zu entfernen. Da Singvögel für jede Brut ein neues Nest bauen, wäre der Kasten sonst bald voll und es könnten sich Parasiten einnisten. Eine leere Vogelwohnung können Höhlenbrüter wie Kohlmeise, Star oder Hausrotschwanz, aber auch andere Tiere dann schon im Winterhalbjahr nutzen. Und im Frühjahr steht der Kasten wieder für die Familiengründung bereit.
Für die optimale Nistkastenreinigung reicht ein Basisprogramm: Das alte Nest entfernen und den Kasten anschließend ausfegen. Bei starkem Parasitenbefall kann man auch mit klarem Wasser und ggf. etwas Sodalauge ausspülen. Anschließend sollte das Kasteninnere gut austrocknen können. Auf scharfe chemische Reinigungsmittel oder gar Desinfektionsmittel sollte man aber besser verzichten, da deren Rückstände sich negativ auswirken können. Da Vogelflöhe und anderes Getier auf den Menschen überspringen kann, sollten Sie das Nistmaterial nicht mit in die Wohnung nehmen und bei der Reinigung Handschuhe und eventuell auch einen Mundschutz tragen.
Nistkästen sind beliebte Rückzugsorte, daher ist man vor Überraschungen bei der Nistkastensäuberung nie gefeit. Wenn die Temperaturen spürbar sinken, gehen viele Kleintiere – darunter nützliche und bedrohte Arten – für das Winterhalbjahr auf Quartierssuche. Dazu zählen Ohrwürmer, Florfliegen, Wespen- und Hummelköniginnen und Säugetiere wie verschiedene Mäusearten und Fledermäuse. Aus Mangel an natürlichen Quartieren, greifen Tiere dabei oftmals auf vorhandene Nistkästen zurück. Aber auch einige Vogelarten wie etwa Meisen übernachten in kalten Winternächten gerne in den Nistkästen. Wer den Herbstputz jetzt nicht mehr ganz schafft, kann seine Nistkästen auch erst zum Winterende reinigen - also unmittelbar vor der Brutzeit. Es ist dann allerdings nicht ganz einfach, den richtigen Zeitpunkt abzupassen, da einige Vögel sehr früh mit dem Brutgeschäft anfangen und gleichzeitig die Gefahr besteht, Winterschläfer über Gebühr zu stören.